Il Museo di Storia Naturale nasce a scopo didattico dietro sollecitazione di Lazzaro Spallanzani, titolare della cattedra omonima neo-istituita.
Il Museo ebbe inizio nel 1771 con un primo nucleo di minerali inviati in dono dall'Imperatrice Maria Teresa d' Austria.
Le collezioni, formatesi attraverso raccolte personali, acquisti, scambi e donazioni, nel 1775 furono allestite nella prestigiosa sede del Centrale dell' Università, dove rimasero, incrementandosi, per oltre un secolo.
Nel 1778 alle sezioni già esistenti di zoologia e di mineralogia, fu aggiunta quella di anatomia comparata avviata con i reperti provenienti dal Gabinetto di Anatomia fondato dall' anatomo chirurgo Antonio Scarpa.
La fama del Museo, ricco già nel 1780 di oltre 24.000 esemplari, interessò autorità e personalità scientifiche e ispirò al poeta e matematico Lorenzo Mascheroni alcuni versi del componimento "Invito a Lesbia Cidonia"(1793).
Dopo la morte di Spallanzani, a partire dal 1875, anche il Museo di Storia Naturale fu suddiviso nelle sue sezioni che divennero altrettanti musei autonomi abbinati agli Istituti omonimi.
La zoologia fu affidata a Pietro Pavesi, l'anatomia comparata a Leopoldo Maggi e la mineralogia dal 1887 a Torquato Taramelli.
Seguendo il trasferimento degli Istituti, il Museo di Anatomia Comparata nel 1903 e quello di Zoologia nel 1935 trovarono adeguata collocazione a Palazzo Botta; Il Museo di Mineralogia che comprendeva fossili, minerali e campioni geologici, fu sistemato in altri locali del Palazzo Centrale.
Intorno al 1960 l'impostazione della ricerca e della didattica cambia e le collezioni di zoologia, anatomia comparata e paleontologia furono trasferite negli ampi locali del Castello Visconteo nell'intento di allestire un museo aperto al pubblico, purtroppo rimasto irrealizzato.
Gli anni a seguire furono, per i preziosi reperti di inesorabile degrado, fino alla istituzione del Centro Interdipartimentale di Servizi Musei Universitari che dal 1995, sta operando il recupero di tutto il materiale mediante restauro conservativo dei reperti.
Nell'esigenza di conservare le testimonianze che raccontano la storia locale delle scienze naturali è in fase di progettazione la sede definitiva del Museo di storia naturale, inserita nel Parco dei Musei al polo scientifico dell'Università
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