Gli esemplari di invertebrati ammontano a circa 100.000 unità, distribuiti nelle classi di pertinenza.
Tra le collezioni più antiche ci sono i coralli su ossidiana raccolti da Spallanzani durante il famoso viaggio al regno delle due Sicilie.
Di notevole pregio è la collezione di vermi viscerali.
A spiegare il moderno concetto di biodiversità rientra la collezione di circa 20.000 conchiglie terrestri e d’acqua dolce raccolte acquistate da Pavesi.
Di grande pregio è la raccolta di spugne.
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